El origen de San Isidro se halla vinculado a los proyectos de fundación agrícolas surgida al amparo del Instituto Nacional de Colonización. En 1952 en relación con los proyectos de transformación de terrenos improductivos tiene lugar la aprobación de la bonificación de saladores de Albatera. Este hecho motivó la creación de San Isidro que en fecha reciente, en 1993 se independizaba de Albatera.