Durante el paleolítico, constituía una bahía marítima, dedicada a la pesca de mar. En el neolítico, se produce el último ascenso eurástico y el cerramiento de la albufera. En la Edad de Bronce tiene lugar una gran actividad pesquera y marítima en la costa, y se tienen conocimientos de diversos asentamientos dentro de la albufera, todos dedicados a la pesca. Durante la época romana se producen asentamientos alrededor de la albufera al pie de las sierras próximas. Ocupada por los musulmanes alrededor del año 726, Pego fue un importante enclave que posteriormente formaría parte de la taifa de Dénia. Reconquistada en 1244 por Jaime I mediante un pacto con Al-Azraq, tras ser sofocada su rebelión en 1258 la villa y su término fueron entregadas al infante Pedro, que la repobló con campesinos catalanes y crearía la baronía de Pego en 1262.