La primera señal de población se encuentra en el yacimiento eneolítico del Molí Roig. La villa actual tiene sus orígenes en una antigua alquería musulmana perteneciente al término de Biar. Fue integrada en la corona de Aragón por el rey Jaume I a través del pacto del 1245. En 1248 se menciona a Beneixama en el Libro de Repartimiento indicando que sería poblada por Pere Ballester y cincuenta colonos cristianos. En 1276, el rey dio el lugar y la torre a Gil Martí d’Oblites por su lucha contra los musulmanes. En el siglo XV se vio muy afectada por las guerras con el Reino de Castilla. En 1448, el rey Alfonso el Magnánimo le otorgó el título de vila.