San Juan se encuentra en el centro geográfico de la comarca tradicional de la Huerta de Alicante. Sus límites son Muchamiel al norte y al oeste; Campello al norte; y Alicante al sur y al oeste. Con estos municipios y los del resto del área metropolitana comparte numerosos servicios, como los bomberos o el transporte urbano. Se sitúa sobre un terreno prácticamente llano, siendo su altitud sobre el nivel del mar de 40 metros, y la superficie total del término es de 9,64 kilómetros cuadrados. El clima es suave y templado y el único río que cruza parte del término es el Monnegre o río Seco, que pasa por la parte norte, marcando el límite con Campello.