Existen restos ibéricos, construcciones y cerámica, en la Vilavella, topónimo de significado claro. Posiblemente, este enclave formaba parte de una cadena de asentamientos, que pueden rastrearse en los restos de cerámica, en la Trauanta, la Ponsa, el Mas d'En Retor, la misma Vilavella, Artesa, el Mas de Carxet, etc.. Como restos más antiguos se han encontrado un par de hachas de piedra pulimentada. De la época romana, no sabemos nada cierto. Quizás estuviera en la zona de influencia de la ciudad de Labedoncia, situada por Avieno en la falda del Mons Sellus, el actual Peñagolosa. Quizás tal población fuera el actual Costur, donde Cavanilles da noticia de una lápida sepulcral romana dedicada a la memoria de Fabio Callisto y Fabio Lupo.
Los orígenes de Atzeneta son muy antiguos. Es rico el pueblo en estaciones arqueológicas; existe cerámica ibérica en los alrededores de la ermita de San Juan del "Castell" y otros restos en las terrazas del Monlleó.Estas tierras fueron muy codiciadas por los berberiscos, en una de sus incursiones un grupo de bereberes se instaló en Atzeneta. Su jefe, Zanet, amo y señor de estas tierras y su tribu Az-Zanata dio nombre a estas tierras.
De origen árabe, perteneció a la tinença del Alcalatén, tras la Reconquista el señorío le fue otorgado por el el rey Jaime I a Ximén de Urrea, noble aragonés, que le concedió carta puebla en 1254. Otras fuentes databan dicha carta puebla en el día 17 de junio de 1292, sin tener en cuenta que se trataba de la Era Hispànica, siendo otorgada a dos repartidores cristianos a cambio del diezmo y las primicias en favor de los Urrea y estableciendo la jurisdicción del lugar a fuero de Aragón. Posteriormente pasó a manos de los condes de Aranda y al extinguirse esta casa señorial formó parte de la casa ducal de Híjar
Los primeros vestigios conocidos que se han encontrado son una lápida sepulcral de época romana y unas monedas árabes pertenecientes a la época de Omadedaulat, rey sarraceno de Zaragoza entre 1109 y 1129. Cavanilles documenta estos hallazgos; pero también habla que la lápida romana se utilizaba en un horno para amasar pan. Después de la conquista permaneció unida a L'Alcora formando parte de la Tinença del Alcalatén que fue cedida por Jaime I al noble aragonés Ximén de Urrea en 1233. Como las demás localidades del Alcalatén pasó a fomar parte de la casa condal de Aranda y cuando ésta se extinguió en 1798 se integró en el patrimonio del duque de Híjar hasta 1818. Si el siglo XVIII vio la independencia parroquial, en 1889, alcanzó la autonomía municipal al segregarse de L'Alcora.
Perteneció a la Tinença del Alcalatén. Después de la conquista, el rey Jaime I concedió el dominio jurisdiccional, en 1233, al noble aragonés Juan Ximén de Urrea, quien la había conquistado y pobló con gentes venidas de Aragón y Cataluña, continuando el señorío en la familia, que alcanzó posteriormente el título de condes de Aranda, hasta la extinción de esta casa en 1798 pasó a la pertenecer a la casa ducal de Híjar hasta 1818. En el año 1603 se constituyó como parroquia y en 1726 se segregó de Lucena del Cid alcanzando la autonomía municipal.